但是在执行中，出现了许许多多的问题。
朝廷从大明腹地收银两，产生了另外一个可怕的制度性腐败——火耗。
朝廷要的是金花银，杂质较少，民间能征到的大多数为杂色银，杂质较多。百姓们用杂色银交税，就要多交一部分的火耗税，火耗全看地方税吏，本该每两一分到两分（1%到2%），能达到每两一钱到两钱甚至更多。（10%到20%）。
而朝廷把军饷发给边方，这金花银从朝廷送到边方，就变成了杂色银，杂色银也就罢了，能到军士手中也还好，但往往因为无法监察，导致军士别说足饷了，哪怕就是半饷，也是难如登天。
戚继光统领三镇之地，能保证的也只有跟着他来到北方的浙兵能领到足饷，至于本来的卫所军士，戚继光能让他们领到半饷，已经是戚继光的刀子锋利。
商人从腹地运粮到边方，损耗极大，但是这差价却弥补不了沿路的损耗，商人就懒得运粮了。
商人也不会把银子带回腹地，而是就近购买边方货物，运回腹地，赚取差价。
这就导致边方的银子越来越多，粮食价格飞涨，银贱谷贵；
而腹地，因为财富的高度集中，白银集中在少数人的手里，百姓要交纳税赋，就要用粮食换银子，这就造成了银贵谷贱。
这个纳银开中法的内循环设计，看似是逻辑自洽，是成功的，但是在执行过程中，是极其失败。
大明本来有一套行之有效的、利用内循环解决边方粮草问题的方案，那就是纳盐开中法，也就是盐引。
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